《目击者之追凶》在某种意义上，是《知更鸟之死》的故事
先来看一下这个古老的寓言
是谁杀了知更鸟?
麻雀说，是我，
用我的弓和箭，
我杀了知更鸟。
谁看见他死去？
苍蝇说，是我，
用我的小眼睛，
我看见他死去。
谁拿走他的血？
鱼说，是我，
用我的小碟子，
我拿走他的血。
谁为他做寿衣？
甲虫说，是我
……
再来看《目击者之追凶》最巧妙的是，每个人都掌握着案件的一部分真相，却没有人真正看清全貌，而每个掌握部分真相的人也恰恰最不想看清全貌。
每个人都在阳光底下隐藏着自己的阴暗面。
鬼故事：小明喜欢看贵故事，找遍天下终于找到了一个专卖贵故事的书店，他花了一千块钱卖了一本最恐怖的贵故事，老板反复告诫他千万不要翻到最后一页，因为那一页会出奇的可怕。
回到家后，小明抵不住好奇心还是翻到了最后一页，上面赫然写着标价：15元。
故事里的小齐与小明如出一辙，一个人不管不顾的持续追查，还为此付出了很大的代价，最终得到的结果却与意向之中有很大偏差。
罗生门结构的悬疑片通常会围绕一个核心事件展开，电影中的主要角色都是这起核心事件中的参与者，然而这些参与者在回顾事件时，却会出于自我利益的考虑对事实加以隐瞒、篡改、扭曲，使得事件的真相变得扑朔迷离、难以明辨。
《目击者之追凶》的剧本结构正是一桩典型的罗生门。片中的核心事件是“九年前的一场车祸”，参与到这起事件中的角色有“目击者小齐（影片主角）”、“肇事逃逸的凶手”以及“车祸中的幸存者”。
影片的故事线索正是由这三名“参与者”铺展开，形成了片中“一明二暗”的三条故事线。“明线”讲述的是小齐在九年后重新调查车祸的真相，“暗线”则是隐藏在幕后的凶手不断地掩饰着罪状和背负秘密的车祸幸存者面临的危机。
随着“明线”情节中小齐调查的不断深入，三条故事线开始相互融合，然而影片的整体剧情并没有就此变得明晰，“罗生门”式的谎言在情节的融合与推进中反复出现，车祸的真相一再被证实，又一再被推翻，甚至在以主角视角叙述的“明线”情节中亦隐匿了部分真相。
一本正经的报社社长其实是面厚心黑的伪君子；表面上端庄优雅，对男主暧昧热忱的Miggie暗地里却是一个借着男人权力向上爬的心机婊；因车祸而瘸腿的姑娘看起来楚楚可怜，实际上却是个绑架少女的罪犯；李淳饰演的木讷警察更是个心理变态的杀人狂；主角小齐正是在残酷的现实和这些人物的影响下逐渐黑化，最终完成了由“羊”向“狼”的角色转变。
目击者王逸齐是趁火打劫的看客，被害人徐爱婷则是绑架女孩的罪犯，作为肇事者的Maggie和邱哥则是直接负责人，即使是热心肠的阿吉也是当年有意隐瞒的帮凶。没有一个人是无辜的，所有的参与者都自带原罪。
真相永远都是被“个体讲述”的，而事实却从没有暴露的机会。剧情反转在此时成为手段，用以表现罪恶的虚假面纱，每个参与者的讲述都是对真相的一次嘲讽，九年前的案件究竟为何不能道破？因为每个人都是凶手，就是作为被害人的徐爱婷和她的男友，也是另一案件的主谋。
联系之前阿齐雨夜目睹车祸，通过小鸟，将过去和现在做了一个巧妙的转场。
之前说了，联系片名，小鸟才是所有的目击者，而由于知更鸟在欧洲神话里所有的神的意思，小鸟又更像是一个上帝视角的存在，结合童谣，它也是为本片营造了一种宿命轮回的感觉。
在小鸟的第二次出现，就是阿齐去救被阿玮囚禁的徐爱婷发生打斗，阿玮说出了当年阿齐偷走了两百万赎金的时候。
再看那首童谣的首尾，恰好这小鸟出现也是电影的首尾，更加将这种宿命，因果，轮回，渲染到深刻极致。
可以加以佐证的，正是第二次小鸟出现那里，阿玮的一句台词“这世界所有的事都设计好了，没有一个人是例外”
之后，从这个镜头之后，阿齐已经升职，他将以目击者身份结案，而杀人是正当防卫，之前说了，影片并没有直接交代徐爱婷的结局。而后，出现了手表：
所以，手表的意思就明了了。它是代表的时间轮回，而下次的循环什么时候开始？没人知道，九年？还是更长？还是更短？
就像给徐爱婷母亲寄茶叶的之前是“张老师”，现在还是“张老师”，但是，下一次，谁又知道阿齐会是“徐爱婷”吗？谁又知道，Maggie又不会是“阿玮”？或者，他们又会是某个不一样的角色身份？
之前阿齐刚得知他的车是回魂车，而他是当年的目击者时候，他对车行伙计阿吉说的：“世界真他妈小，很多事这样绕绕绕，绕了一圈，干你娘又回到你身上”